นายแพทย์มงคล ณ สงขลา ได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข ในรัฐบาลพลเอกสรุยุทธ์ จุลานนท์[2] หลังการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2549 ผลงานที่โดดเด่นของนายแพทย์มงคล ขณะดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุข คือ การต่อสู้เรื่องสิทธิบัตรยา และการยกเลิกโครงการ 30 บาทรักษาทุกโรค เปลี่ยนเป็น รักษาฟรีทุกโรค และให้คนไทยห่างไกลจากโรค [3]

นายแพทย์มงคล ได้ร่วมกันลงนามทูลเกล้าฯ ถวายฎีกาขอนายกรัฐมนตรีพระราชทาน เมื่อวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยอ้างอิงความตามมาตรา 7 ของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540[4]